La Universidad Pontífica de Juan Pablo II en Cracovia gestiona sus actividades escolares y didácticas en cinco facultades: Teología, Filosofía, Historia y Herencia Cultural, Ciencias Sociales y también en Institutos Inter-Facultad: de Bioética, Ecumenismo y Diálogo. El Centro de Estudio y Pensamiento de Juan Pablo II también está reconocido como un colegio inter-facultad. Las principales áreas de estudio poseen un Certificado de Calidad Educativa otorgado por la Conferencia de Rectores de Universidades Polacas en reconocimiento a la alta calidad de su educación.

La Universidad es un miembro de la Federación Internacional de Universidades Católicas (FIUC) y de la Federación Europea de Universidades Católicas (FUCE), así como de la Conferencia de Rectores de las Universidades Polacas (KRUP) y de la Conferencia de Rectores de los Colegios de Polonia (KRASP).

La Universidad está dedicada también a la cooperación con diversas universidades de fuera del país organizando intercambios de estudiantes y conferencias por parte de su profesorado. Éstos son: theRuhrUniversityinBochum, thePázmányPéterCatholicUniversityinBudapest, Aarhus School of Journalism,VilniusUniversity, The University of Graz, and theUniversityofPreszowand the Catholic University of Ruzomberok. La Universidad Pontífica de Juan Pablo II es un excelente foro y lugar para el debate, intercambio y encuentros de expertos y autoridades. La Universidad busca proveer una excelente educación y experiencia académica en un ambiente muy exclusivo. Nuestra principal preocupación es mantener los altos estándares educativos:

• Motivar y ayudar a los estudiantes a desarrollar se creantdo ambientes estimulantes.
• Combinar requerimentos rigurosos con un cuidado personalizado y cercano.
• Mejorar el sentido de responsabilidad social del estudiante y animarles a participar en la vida universitaria y en su comunidad animándoles también a realizar labores de voluntariado y servicios a la comunidad.
• Afirmando el mismo valor y dignidad de todos los individuos conociendo su necesidades personales, intelectuales, morales y espirituales.
• Proveer a los estudiantes con las herramientas necesarias para adaptarse a los cambios que se encontrarán en el mundo.
• Desarrollar la autoconfianza de los estudiantes ofreciéndoles conocimientos actualizados a través del establecimiento de fuertes enlaces con la industria, comercio y el sector de servicios.