Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie prowadzi swą działalność naukowo-dydaktyczną na pięciu wydziałach: Filozoficznym, Historii i Dziedzictwa Kulturowego, Nauk Społecznych, Teologicznym  a także w międzywydziałowych instytutach: Bioetyki oraz Ekumenii i Dialogu.
Trzy wydziały uczelni posiadają Certyfikaty Jakości Kształcenia, dla kierunków: filozofia, historia, teologia wydane przez Konferencję Rektorów Uniwersytetów Polskich w uznaniu wysokiej jakości kształcenia. Wydziały Uniwersytetu posiadają prawo nadawania tytułów i stopni naukowych: licencjata, magistra, licencjata kościelnego (stopnia pośredniego między magistrem a doktorem), doktora i doktora habilitowanego.

Uczelnia należy do Międzynarodowej Federacji Uniwersytetów Katolickich (FIUC) i jej sekcji europejskiej (FUCE), Uniwersyteckiej Sieci Europejskich Stolic Kultury ((UNEECC), Konferencji Rektorów Uniwersytetów Polskich (oraz Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich (KRASP).

Współpraca międzynarodowa jest oparta na kontaktach z zagranicznymi uniwersytetami i instytucjami partnerskimi. Wspólne inicjatywy stwarzają naszym studentom możliwość rozwoju pod okiem międzynarodowych autorytetów, zarówno podczas wyjazdów stypendialnych, jak w ramach wykładów i kursów gościnnych w UP JPII.

Wśród zagranicznych partnerów znajdują się między innymi:

Uniwersytet w Bochum

Katolickim Uniwersytetem Pázmány Péter w Budapeszcie

Uniwersytet w Grazu

Uniwersytet w Preszowie

Wyższa Szkoła Dziennikarstwa w Arhus

Uniwersytet w Wilnie

Katolicki Uniwersytet w Rużomberoku

Uniwersytet Papieski im. Jana Pawła II stanowi doskonałe miejsce dla debat, wymian i spotkań z ekspertami. Uczelnia stara się zapewnić szeroką bazę naukowo-dydaktyczną.  Głównym celem placówki jest utrzymanie wysokich standardów nauczania, w tym:

• zachęcać i pomagać studentom rozwijać ich potencjał,

• łączyć wysokie wymagania z indywidualnym podejściem;

• krzewić poczucie obywatelskiej odpowiedzialności i wspierać udział studentów w życiu uczelni i poza nią poprzez zachęcanie do wolontariatu i pracy społecznej;

• podkreślać godność człowieka przez spełnienie osobistych, społecznych, intelektualnych, moralnych i duchowych potrzeb każdej jednostki;

• zapoznać studentów z narzędziami niezbędnymi do przystosowania się do zmian w otaczającym ich świecie;

• rozwinąć wśród studentów umiejętności pozwalających na sprawne poruszanie się w świecie nowych technologii, umożliwiające im lepszy start na rynku pracy;